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山东省医学科学院附属医院成立于1987年3月。2006年8月，经省政府批准，按照鲁编【2006】9号文件要求，原山东省建筑职工医院(建院于1953年)整建制划转山东省医学科学院管理后，与原山东省医学科学院附属医院整合组建成现在的附属医院。该院是一所集医疗、科研、教学、预防、保健、社区卫生服务于一体的具有特色专业优势的省级综合性医院，是省、市各类医保定点医疗机构，是山东省医学科学院医学与生命科学学院的临床教学医院，是省、市各类医保定点医疗机构。
医院编制床位506张，省卫计委核定规划床位1200张。年门诊量达10万余人次，新建门诊病房综合楼建筑面积近6万平方米，目前裙楼主体工程已投入使用，医院就诊环境得到提升，主楼即将建设。
人才梯队结构完善。全院专业技术人员600余人，高级专业技术人员、硕士生导师百余人，其中多名专家被省政府授予“山东省有突出贡献的中青年专家”、“山东省十佳医师”、“山东省优秀医师”，数十名专家在中国医师协会结直肠肿瘤专业委员会早诊早治专委会、中华医学会肿瘤学分会早诊早治学组、山东省抗癌协会胃肠肿瘤外科分会和胸部肿瘤分会、山东省老年医学学会老年肿瘤专业委员会等国家或省级学术团体中兼任主委或副主委等职务，引领各学科发展前沿。
学科设置齐全。设有胃肠外科、胸外科、头颈外科、乳腺外科、微创外科、神经外科、骨外科、泌尿外科、康复医学科、放疗科、血液科、肿瘤内科、消化内科、神经内科、心内科、内分泌科、妇产科、肾病科、重症医学科、急诊医学、麻醉医学、内镜中心、临床营养科等40多个临床科室，以及医学检验、医学影像等10余个医技(基础)专业科室。
重点专科优势突出。该院是山东省骨伤康复工程技术研究中心，推拿学专业是国家级重点学科; 胃肠肿瘤学实验室是山东省医药卫生重点实验室;普外科是山东省省级临床重点专科;胃肠肿瘤学、淋巴瘤专科、老年肿瘤学、医学心理学、肿瘤微创外科、呼吸病科、康复医学科、妇产科、甲状腺乳腺外科、肾病科是山东省医学科学院重点学科或临床重点专科。肿瘤多学科综合诊治体系日臻成熟，是PMOC MDT示范推广基地、全国结直肠癌MDT示范单位。
医疗设备完善。配有核磁共振、数字胃肠机、直线加速器、大孔径CT、大平板悬吊DSA、平板DR、彩色多普勒四维超声诊断仪、高清电子染色内镜系统、高清胸腹腔镜系统等先进诊疗设备300余台(套)及荧光定量PCR、流式细胞仪等大批基础科研仪器设备。
近五年，承担国家自然基金课题、山东省科技攻关项目、山东省自然科学基金项目100余项，获省部级、厅局级科技成果奖17项，获国家发明13项，获实用新型专利31项，发表SCI论文100余篇，影响因子达300，在国内核心期刊上公开发表学术论文500余篇。医院积极加强国际交流与学术合作，每年承办全国性大型学术会议6～8次，比如胃肠肿瘤泰山论坛、山东省抗癌协会胸部肿瘤分会年会、山东省老年医学学会老年肿瘤专业委员会学术大会等，以及多期中国红十字基金会乡村医生培训班，中国红基会基层医生培训班暨山东省消化道肿瘤早诊早治培训班等，医院知名度不断提升，社会影响力逐步扩大。
医院倡导“厚德精业、卓越仁和”的院训，秉承“使命、品质、敬重”为核心的医院学问，竭诚为全省人民的健康保驾护航。医院一直保持“省直机关文明单位”称号，并先后被评为“山东省服务百姓健康行动群众满意单位” “生活品牌榜2015省城好医院” “首届济南地标品牌(医疗)·省城好医院”“山东省诚信医疗服务满意医院”。
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