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嫩水江畔，卜奎古驿，龙沙新城，鹤的故乡。这里是拥有历史悠久的黑土地学问的塞北明珠——齐齐哈尔，齐齐哈尔医学院附属第三医院就坐落于这片肥沃的土地之上。
医院1928年建院，首任院长张洪范奉命筹建医院，选址吉林省洮南县临街的一栋青砖房，定名为民国洮南铁路医院，仅凭寥寥器械、医护三人，勤力劳心，拓荒传医，以医者的胸怀，庇老护幼，济世救人。1935年7月8日，伪满洮昂铁道局迁至齐齐哈尔，改称齐齐哈尔铁路局，医院随之迁至齐齐哈尔，更名为齐齐哈尔铁路医院。从1931年至1945年间，医院院长及各科医长医员主要都是日本人，日本人桐原三郎取代张洪范任院长。1945年8月15日，日本帝国主义无条件投降，祖国光复，苏联红军进入齐齐哈尔接收铁路局，同时指派医院临时负责人，驱逐日本医员。1946年4月6日，东北民主联军对医院实行军管，由原中国人民解放军军事医学科学院副院长、第二军医大学原校长、中华医学会原副会长，三师卫生部部长吴之理率人接管医院并兼任院长。吴之理接管后，开始扩大医院规模，招收医生、护士和技术人员，增添医疗设备。开展的肠梗阻、胃切除手术已经在当时的黑龙江省内领先。1950年10月—1953年7月，抗美援朝战争期间，我院汇集了各领域的名家名医：红色经典小说《林海雪原》中人物白茹（小白鸽）的原型刘波当时任齐齐哈尔铁路中心医院副院长兼党小组长负责人。被誉为我国胸外科的奠基人之一黄家驷院士、外科学的先驱者沈克非、心脏内科学专家黄宛、我国烧伤科一代名师盛志勇院士等等，都跻身于此。名医名家借助我院特殊的地理位置和先进的医疗护理技术、设备、保障等优越条件，成为志愿军的后方医院，一同为抗美援朝的胜利作出不可磨灭的贡献。唐山大地震、SARS横行，在国家重大灾难之际，附三人奋战在救灾一线，兼济天下之志，保一方人民健康。
2004年，医院从铁路剥离出来归属于齐齐哈尔医学院，更名为齐齐哈尔医学院附属第三医院（简称附属三院）。2007年，齐齐哈尔医学院附属第七医院（原齐车集团医院、齐齐哈尔市肿瘤医院）合并到我院成为我院的东区，实行垂直管理。至此，形成了现在的齐齐哈尔医学院附属第三医院（齐齐哈尔医学院第三临床医学院、齐齐哈尔医学院附属肿瘤医院、齐齐哈尔市肿瘤医院）。在齐齐哈尔医学院的正确领导下，医院现已发展成为集医疗、教学、科研、预防、保健于一体的三级甲等医院，全国“百万妇女乳腺普查工程”定点医院，“神华爱心行动”齐市免费医治0-18周岁先天性心脏病患儿定点医院。
2008年，建筑面积3.2万平方米，功能完备的17层新门诊综合大楼正式落成竣工。2015年，作为齐齐哈尔市最大的医疗单体建筑，9万平方米的23层病房综合楼交付使用。凭借科学合理的就医流程，人性化的医疗服务，绿色环保的医疗环境，成为齐齐哈尔市就医环境最优美医院。
今日的齐齐哈尔医学院附属第三医院，是集医疗、教学、科研、预防、保健于一体的省内一流高水平学术型医院，现有额定床位2000张，下设有肿瘤分院暨齐齐哈尔市肿瘤医院、消化分院、心血管分院、2个社区卫生中心、临床医技科室80余个。现有职工2400余人，高级职称以上的专业技术人员近400人，硕士生、博士生学历占专业技术人员总数的20%。医院占地面积8万余平方米，建筑面积超过16.1万平方米。
医院坚持科技兴院的方针，逐步形成了独有的学科优势与特色，实现了名院、名科、名医齐头并进的可喜局面。目前，医院康复医学科是黑龙江省中医重点专科；神经病学科、呼吸病学科、消化科、心血管内科、内分泌科、肿瘤放疗科、肿瘤科、肾科、脊柱外科、泌尿外科、妇产科、普外科、脑外科、口腔颌面外科、口腔修复科、介入放射科、康复医学科、检验科、核磁共振科、CT科是齐齐哈尔市重点专科；糖尿病研究所、脑囊虫研究所、微循环研究所是齐齐哈尔市级研究所；呼吸内科学、消化内科学、普外科学、骨外科学、胸心血管外科学是齐齐哈尔医学院重点学科；肺癌研究所、糖尿病研究所、胰腺胆道疾病研究所、冠状动脉硬化疾病研究所、结直肠肿瘤外科研究所是齐齐哈尔医学院研究所。消化科、泌尿外科、血管外科、乳腺科、妇产科、脑外科、肾内科、烧伤科、医疗美容科、肛肠科等科室已发展成为专科特色明显，技术水平领先的品牌特色科室。腔镜技术、介入技术、微创技术处于齐市领先水平。
医院积极探索与国际、国内间的学术交流与合作，为科技创新提供动力，为专科发展搭建平台。美国Fox Chase肿瘤中心齐齐哈尔分中心设在我院，医院肿瘤预防、诊断与治疗技术得到迅猛提升。临床医生遵循国际治疗肿瘤的“金标准”，为肿瘤患者开展个体化、多学科联合诊疗模式，确保肿瘤患者能够得到个性化、规范化、国际化的诊治。开通了与美国专家网上会诊业务，美国专家还会定期来我院出诊，我市肿瘤患者足不出市就可以得到国际权威专家的诊治。我院还与澳大利亚墨尔本阿尔弗雷德医院、北京大学第三医院泌尿外科、北京中日友好医院血管外科、首都医科大学附属北京口腔医院种植科、北京医院妇产科等国际、国家重点医院、专科建立了共建协作关系，这些科室的知名专家会定期来我院出诊、手术，患者可随时预约，极大满足了我市患者的就医需求。
近年来，医院花巨资引进了国际、国内领先设备。PET-MR/CT、 PET-CT、飞利浦256层极速CT、美国GE3.0T、1.5T磁共振、飞利浦FD20数字减影血管造影机、德国西门子医用电子直线加速器、深圳灵顿中子刀、Pro Sound α7超声、日立二郎神超声、ProSound F75超声、美国雅培贝克曼全自动生化分析仪、日本奥林巴斯电子胃镜、肠镜、美国施乐辉浅表静脉曲张动力去除系统等领先仪器设备的应用，强力支撑了学科发展。
医院先后荣获了全国百姓放心示范医院、黑龙江省“医疗质量万里行”活动十佳医院、黑龙江省卫生系统先进单位、黑龙江省行风建设先进集体、黑龙江省卫生学问建设先进单位、黑龙江省优质服务金奖单位、黑龙江省三好一满意单位、齐齐哈尔市“关注民生、服务发展”群众满意医院、齐齐哈尔市平安医院、齐齐哈尔市百姓满意医院、齐齐哈尔市医疗水平满意度最佳单位、医疗收费满意度最佳单位、就医环境最优美、齐齐哈尔市第三十届劳模大会先进单位等多项殊荣。
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